在古生物学理论中，间断平衡论是针对传统的渐变论而提出的，它在基本指导思想、理论基础和方法论上都与传统的渐变论有明显区别。首先，间断平衡论是建立在突变与渐变辩证统一的基础上的。它认为生物演化有两种过程，大多数物种的形成是在地质上可以忽视不计的短时间内完成，即成种作用（speciation）过程。物种形成以后经历一个长时期的相对稳定阶段，在选择作用下发生十分缓慢的变异，即种系渐变（phyletic evolution）过程。成种作用是产生种及种以上分类单元迅速变异的宏进化（macroevolution），种系渐变是产生种内变异的微演化（microevolution），虽然微演化有时也可以产生渐变种。第二，间断平衡论认为突变成种作用是演化的主要力量，种系渐变虽然亦可以产生新种，但其产生的变异量（或演化量）很小。第三，对于成种作用过程，间断平衡论强调突变是成种的原动力，但突变成种方式最初是随机的；地理隔离是产生成种作用的必要因素。不过它也提出，新种的最终形成亦是自然选择的结果。
间断平衡论的产生是自然科学发展的必然结果，它是建立在大量基础资料的积累和重新认识、有关自然科学和理论的深入发展和新兴成果的基础上的，包括20世纪50年代后地质学、古生物学及自然科学中突变论在自然科学发展中地位逐步被客观认识；基础遗传科学中基因突变学说和中性突变--随机漂变假说的认识和研究成果；以及生物学和古生物学中积累的大量地理隔离突变种的材料。
间断平衡论的产生，使许多重要的自然现象和一些长期不能得到合理解答的问题得到比较完满的解释：①“化石记录不完备性”的重新审视。间断平衡论认为，虽然化石记录的不完备性使我们不能够了解各类演化的细节，但已有的资料已足以反应演化的总貌及其规律。无须将大量演替类别间少见的中间过渡类型归咎于化石记录的不完备性，因为种及种以上的单位是突变产生的，中间环节不一定存在，或者它们很稀少而难以被发现。②“适应辐射”是地质上各时代开始时生物门类演化发展的普遍现象，如白垩纪末的古兽类辐射出早第三纪有胎盘类哺乳动物20余目；寒武纪初的生物大爆炸现象等用传统渐变论的种系成种速度无论如何都难以解释。而这种短期内大量分支成种却正是间断平衡论的观点。③间断平衡论强调分支成种作用，解释了实际工作中普遍发现的，在一个连续剖面上很难看到化石由下而上渐变过渡的现象。④传统渐变论对“活化石”如海豆芽（Lingula），鲎（Limulus）等的解释是由于它们适应的环境长期未变。而间断平衡论则认为它们能长期保持不变是因为没有隔离，它们是广相产物。
间断平衡论的产生是针对传统的渐变论的，是作为生物演变的基本理论。因此它的提出立即在自然科学界产生重大反馈。虽然大量事实使得绝大多数学者不同程度地接受了间断平衡论，但间断平衡论仍面临着渐变论和神学特创论的严峻挑战，还需要在突变与渐变辩证统一的演化过程中不断充实和发展，需要寻求更多有说服力的实际材料，以确立其在自然科学中作为基础理论的地位。
