部分古生物是可以确定水深的,例如珊瑚、叠层石生活在温暖水体稳定的浅海,腕足类一般生活在浅海区域,角石的生活区域一般为浅海-半深海,而深海中通常会有藻类生存。南古所的戎嘉余院士将不同属种的腕足类动物的生活水域深度有过定性的分类,具体怎么分的不太清楚了,应该有相关文章说明。
总的来说,靠古生物进行古水深的划分相对来说还是比较准确的。但是对研究区的资料要求较高,必须能采集到较好的古生物标本,而且对鉴定人员的专业水平也要求很高。所以要利用古生物展开相关研究成本可能相对地球化学等其他方法成本和难度也高很多~