一、所用的基本函数不同
傅立叶变换数用的基函数是时间无限的、单频率的函数，如正弦或是余弦函数。而S变换用的基函数是时间有限的、有一定带宽的类似于地震子波的函数。
二、处理结果不同：
S变换是时频分析结果，而傅立叶变换只是频率域的结果。
傅立叶变换建立了从一个域到另外一个域的通道，但它并没有将时域和频域组合成一个域，傅立叶变换谱X(f)只是显示任一频率f包含在信号h(t)内的总的强度，它不能提供有关谱分量的时间区域化信息。
S变换是固定基函数的小波变换。
与傅立叶变换相比，S变换是空间(时间)和频率的局部变换，因而能有效地从信号中提取信息，通过伸缩和平移等运算功能可对函数或信号进行多尺度的细化分析，解决了傅立叶变换不能解决的许多困难问题。
