“哲学”的“哲”在汉语中有觉悟、智慧之意，这与西文中的“爱智慧”的说法非常接近。哲学本身就出于人类爱智之天性，它是人类意识到了自己的无知，以其自觉无知，遂生起自觉求知的要求，从而人类变得好问好学，并有了学问，哲学也由此产生。因此，哲学是人类从蒙昧无知时代进入自觉无知时代的产物。古希腊人将人类的一切学问统命名为哲学，这是很有道理的，因为哲学本来就代表着学问，代表着自觉无知的人类的好问好学。
科学的产生则源于哲学的发展，有人说科学曾胚胎、成长于哲学的母腹之中，这种说法也是比较贴切的。当人类的学问（哲学）发展到一定阶段后，人类知识又有了突破性的进展，即人类终于又意识到了自己以往所知非实知，以其自觉无实知，人类遂变得好实问实学了，由此人类开始有了实事求是之学，既科学。近代，科学逐渐从哲学中脱胎出来，并分化、衍生出门类众多、学科分支繁茂的专业。
哲学和科学的区别在于：哲学所追求的是非经验的形而上之虚知，即基于理论和逻辑的推求虚知；科学所追求的是经验的形而下之实知，即基于实践和经验的追求实知。“形而上者谓之道，形而下者谓之器。”故也可以说，哲学是道学，科学是器学。哲学运用逻辑、演绎、推理、思辨的方法获得丰富的哲学知识，创造了人类的精神财富；科学运用实验观察、分解、分析的方法获得丰富的科学知识，创造了社会的物质财富。哲学侧重于透视人类的生存，科学重在解决或者方便人类的生活。哲学功在觉悟，科学旨在认识。
亚里士多德曾说：“古往今来人们开始哲理探索，都应起于对自然万物的惊异；他们先是惊异于种种迷惑的现象，……一个有所迷惑与惊异的人，每自愧愚蠢；他们探索哲理只是想脱出愚蠢，显然，他们为求知而从事学术，并无任何实用的目的。”可见，科学就是从形而下的自然之器（自然现象）中去寻求形而上的自然之道（自然规律），由此而产生关于自然之道（自然规律）的虚知——科学假说，而科学赖以作为逻辑前提的虚知（即科学假说）是来自于哲理探索。
笛卡尔曾说过：
知识好比是大树，哲学是树根，科学则是树枝， 海德格尔认为“科学的基础是哲学”，并强调“这一点适合于任何一门科学”。有人曾断言：哲学与科学必然是统一的，如果始终不能统一和沟通，那么，不是哲学有谬误，就是科学有虚假。
由哲学与科学的发展过程来看，
哲学对科学的指导作用是不容置疑的，正如科学对实践的指导作用不容置疑一样。人们在科学活动中并非总能清醒地意识到哲学对科学有什么指导意义是因为他们在科研活动中的某些习以为常的做法和办法，恰恰就是从一些看起来极其简单的哲学原则经由某些中间环节转化而来的。这正如人们在日常生活中并非总能清醒地意识到科学对于他们的生活和实践有什么指导意义，这只是由于科学在长期的实践过程已经逐渐转化为人们的日常生活的规则了，这些规则对他们来说似乎不再与那些抽象的科学概念和科学理论有什么联系，而仅仅是其生活常识和生活习惯的一部分，一些在他们看来是理所当然的做法和办法，但这决不能否认科学在实践中的指导作用。否定科学对实践的指导作用，这是实践观上的经验主义；而否定哲学对科学的指导作用，就是科学观上的经验主义。
经验主义的实践观，必然导致拒斥科学知识而迷信实践经验，单纯依靠个人生活经验和世代积累起来的生活经验，去从事那区别于科学实践的常识实践。这种实践形式使人类知识的增长极其缓慢，由此也导致了人类文明长期缓慢地发展。
经验主义的科学观，必然导致拒斥哲学理论而迷信科学知识，单纯地依靠个人科学知识和世代积累起来的科学知识，去从事那区别于哲学科学的常识科学。这种科学活动因为自觉或不自觉地拒斥哲学理论而轻视或忽视对既有科学知识进行抽象与概括，因而无以创建关于科学的哲学概念与哲学理论，从而不能为科学进一步的发展提供新的科学原则，也会延缓科学的发展。
摘自：
李晓燕《科学与哲学的关系》 楼主留言：
“哲学是树根，科学是树枝”，“科学的基础是哲学”，从历史发展的角度来看也没错，哲学在先，科学在后。但这不能说明哲学比科学高，科学可以指导科学。好比父亲与儿子，儿子小的时候，父亲可以指导儿子的成长，后来儿子长大了，儿子的本事比父亲还高，父亲还能一直指导吗？再说了，父亲的观点永远正确吗？哲学属于文科，科学属于理科，两个不同领域里的学科，如何评价高低？物理与化学，谁高谁低？谁能指导谁？
